Pod 的健康检查耗尽 /run 存储空间，差点卷铺盖走人

使用 nvidia-container-runtime 的朋友可以重点关注下，特别是还有 JuiceFS 的情况。

1. 突然收到告警，我慌了

周末，学习 TensorRT LLM，顺便给线上最大的正式集群安装了一下 Dragonfly，然后就去买菜了。

下午发现有个节点的 Dragonfly Daemon 没起来，一直告警，就去所在节点重启了下 Kubelet。

大约 10 分钟之后，开始收到线上告警。

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日志分析告警
时间：2024-01-20 15:26:25
标题：过去20s 状态码503数量超过阈值 547 >= 3
详情：
前三失败接口:
path: /api/xxx/v2/models/xxx/versions/1/infer	数量: 237
path: /api/xxx/v2/models/xxx/versions/1/infer	数量: 188
path: /api/xxx/v2/models/xxx/versions/1/infer	数量: 122

而且不停告警，来 AI 部门不久，丹还没练出来，就碰到这事。我可是啥都没干，哼！

还是先解决问题，看了眼 Kubelet 日志

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kubelet[4031671]: E0120 15:31:57.357711 4031671 remote_runtime.go:209] "RunPodSandbox from runtime service failed" err="rpc error: code = Unknown desc = failed to start sandbox container for pod \"dragonfly-dfdaemon-wznfl\": Error response from daemon: write /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/2b6a70e32f77707d88b73d28054bb83aed34d9ac90c0993df9d1209bd5402b84/config.json: no space left on device: unknown"

查看磁盘情况

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df -h

tmpfs       51G   51G     0 100% /run

发现 /run 存储空间不够，于是就在 /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby 目录下查看大文件

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6.3G	/run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/6be974f9293ab553bf86f0eda38b7813f315a98e63895eddaccb6b290ef6a1ac/log.json
6.3G	/run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/811c9a0aabb50f5ca73e6ee529f41745c2e18568a160f42314caaba142562c6b/log.json
7.9G	/run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/398ecf3c1488b4f8ec0f0ad12ac0a1080355fbd8102f6ed21980c7d7637ec7d2/log.json
8.1G	/run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/ab7253b7bbd05c8fe017008de2ec4494b4c11f2d55b980927d2fdcb3b306c924/log.json
9.6G	/run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/6030f2ad8532162cfa0effb479a9cd3f31c894c2152dfe34ddc59244b53f6241/log.json

破案了，直接清空这些文件内容，服务立马恢复了。

2. 复现 log.json 日志增长现象

2.1 查看 log.json 并分析来源

先查看一下日志内容

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{"level":"info","msg":"Running with config:\n{\n  \"AcceptEnvvarUnprivileged\": true,\n  \"NVIDIAContainerCLIConfig\": {\n    \"Root\": \"\"\n  },\n  \"NVIDIACTKConfig\": {\n    \"Path\": \"nvidia-ctk\"\n  },\n  \"NVIDIAContainerRuntimeConfig\": {\n    \"DebugFilePath\": \"/dev/null\",\n    \"LogLevel\": \"info\",\n    \"Runtimes\": [\n      \"docker-runc\",\n      \"runc\"\n    ],\n    \"Mode\": \"auto\",\n    \"Modes\": {\n      \"CSV\": {\n        \"MountSpecPath\": \"/etc/nvidia-container-runtime/host-files-for-container.d\"\n      },\n      \"CDI\": {\n        \"SpecDirs\": null,\n        \"DefaultKind\": \"nvidia.com/gpu\",\n        \"AnnotationPrefixes\": [\n          \"cdi.k8s.io/\"\n        ]\n      }\n    }\n  },\n  \"NVIDIAContainerRuntimeHookConfig\": {\n    \"Path\": \"/usr/bin/nvidia-container-runtime-hook\",\n    \"SkipModeDetection\": false\n  }\n}","time":"2024-01-23T09:43:36+08:00"}

看起来不像是应用的日志，实际上也不是，而是 runc 的日志，准确点来说是 nvidia-container-runtime 的日志。

而这里的 info 日志级别应该在 nvidia-container-runtime 的配置文件中可修改，移除掉 info 级别的日志即可。

但这个问题是否仅存在于 nvidia-container-runtime 呢？不，这是一个被忽略的普遍问题。

2.2 构造一个测试负载

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cat << EOF | kubectl apply -f -
apiVersion: apps/v1
kind: Deployment
metadata:
  name: demo-whomai
spec:
  replicas: 1
  selector:
    matchLabels:
      app: demo-whomai
  template:
    metadata:
      labels:
        app: demo-whomai
    spec:
      containers:
      - name: whomai
        image: shaowenchen/demo-whomai:latest
        readinessProbe:
          exec:
            command:
            - sh
            - -c
            - '[ -e /random/ ]'
          initialDelaySeconds: 1
          periodSeconds: 1
EOF

经过反复地测试，我构造了上面这个负载。只需要注意两点即可触发 log.json 日志文件不断增长。

配置探针
探针命令要执行错误

shaowenchen/demo-whomai:latest 镜像中执行 sh 会报错。按照每秒探测一次，积累两个月的 log.json 文件能达到几个 GB 大小。

2.3 创建负载测试

创建负载

根据上面的 yaml 创建一个负载

查看负载

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kubectl get pod -l app=demo-whomai

NAME                             READY   STATUS    RESTARTS   AGE
demo-whomai-966dd7875-jvvzr      0/1     Running   0          48m

由于健康检查未通过，Pod 不会处于 Ready 状态。

查找容器 ID

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CONTAINER_ID=$(kubectl get pod -l app=demo-whomai -ojson | jq -r '.items[0].status.containerStatuses[0].containerID | sub("docker://"; "")')

查看容器的 log.json 文件

如果是 Docker 应该是 moby 命名空间下，

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ls -alh /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/$CONTAINER_ID

total 1.4M
drwx------   3 root root  240 Jan 23 10:40 .
drwx--x--x 162 root root 3.2K Jan 23 11:29 ..
-rw-rw-rw-   1 root root   89 Jan 23 10:40 address
-rw-r--r--   1 root root 9.5K Jan 23 10:40 config.json
-rw-r--r--   1 root root    7 Jan 23 10:40 init.pid
prwx------   1 root root    0 Jan 23 10:40 log
-rw-r--r--   1 root root 1.4M Jan 23 11:31 log.json
-rw-------   1 root root   23 Jan 23 10:40 options.json
drwxr-xr-x   1 root root 4.0K Jan 23 10:40 rootfs
-rw-------   1 root root    0 Jan 23 10:40 runtime
-rw-------   1 root root   32 Jan 23 10:40 shim-binary-path
lrwxrwxrwx   1 root root  118 Jan 23 10:40 work -> /data/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/k8s.io/240ccf68446af4a761273e5db08f6aebc362715f64d51efea785c26900c569c5

如果是 Containerd 应该是 k8s.io 命名空间下，ls -alh /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/k8s.io/$CONTAINER_ID

查看容器的 log.json 文件内容

如果是 Docker 应该是 moby 命名空间下，

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cat /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/$CONTAINER_ID/log.json

{"level":"error","msg":"exec failed: unable to start container process: exec: \"sh\": executable file not found in $PATH","time":"2024-01-23T11:32:01+08:00"}
{"level":"error","msg":"exec failed: unable to start container process: exec: \"sh\": executable file not found in $PATH","time":"2024-01-23T11:32:01+08:00"}
{"level":"error","msg":"exec failed: unable to start container process: exec: \"sh\": executable file not found in $PATH","time":"2024-01-23T11:32:01+08:00"}

如果是 Containerd 应该是 k8s.io 命名空间下，cat /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/k8s.io/$CONTAINER_ID/log.json

3. 解决方案

3.1 直接清理

安装 Opscli

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curl -sfL https://ghp.ci/https://raw.githubusercontent.com/shaowenchen/ops/main/getcli.sh |VERSION=latest sh -

如果已经安装，需要执行 opscli upgrade 命令升级一下。

查看超过 100M 的 log.json 文件

Docker 使用命令:

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opscli task -f ~/.ops/tasks/clear-biglog.yaml --logpath /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/moby/ --logname "log.json" --size 100M -i ~/.kube/config --all

Containerd 使用命令:

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opscli task -f ~/.ops/tasks/clear-biglog.yaml --logpath /run/containerd/io.containerd.runtime.v2.task/k8s.io/ --logname "log.json" --size 100M -i ~/.kube/config --all

清理超过 100M 的 log.json 文件

在查看命令的基础上，增加 --clear 参数，即可直接清理超过 100M 的 log.json 文件。

3.2 修改 nvidia-container-runtime 的日志级别

编辑 nvidia-container-runtime 的配置文件

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vim /etc/nvidia-container-runtime/config.toml

[nvidia-container-runtime]
log-level = "info"

将 log-level = "info" 修改为 log-level = "error" 可以避免输出，类似 {"level":"info","msg":"Running with config:\n{\n \"AcceptEnvvarUnprivileged\": true,\n \"NVIDIAContainerCLIConfig\": {\n \"Root\": \"\"\n },\n \"NVIDIACTKConfig\": {\n \"Path\": \"nvidia-ctk\"\n },\n \"NVIDIAContainerRuntimeConfig\": {\n \"DebugFilePath\": \"/dev/null\",\n \"LogLevel\": \"info\",\n \"Runtimes\": [\n \"docker-runc\",\n \"runc\"\n ],\n \"Mode\": \"auto\",\n \"Modes\": {\n \"CSV\": {\n \"MountSpecPath\": \"/etc/nvidia-container-runtime/host-files-for-container.d\"\n },\n \"CDI\": {\n \"SpecDirs\": null,\n \"DefaultKind\": \"nvidia.com/gpu\",\n \"AnnotationPrefixes\": [\n \"cdi.k8s.io/\"\n ]\n }\n }\n },\n \"NVIDIAContainerRuntimeHookConfig\": {\n \"Path\": \"/usr/bin/nvidia-container-runtime-hook\",\n \"SkipModeDetection\": false\n }\n}","time":"2024-01-23T09:43:36+08:00"} 的日志。

这个日志在 Docker 和 Containerd 的 io.containerd.runtime.v2 下会出现，在 io.containerd.runtime.v1 下反而没有。

3.3 修改 Containerd 的 state 目录

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vim /etc/containerd/config.toml

state = "/run/containerd"

将 state = "/run/containerd" 修改为 state = "/data/containerd"，并且将 /data 目录挂载到额外的大磁盘上，这样即使 log.json 文件很大也不容易占满存储空间。

4. 参考

https://forums.unraid.net/topic/141083-nvidia-driver-filling-up-logs/